Según el Ministerio de Hacienda y Administraciones Públicas, el informe de la Intervención General del Estado destaca que las cuentas del ejercicio 2009 muestran en las entidades del sector público estatal un cumplimiento "razonable" de las normas y principios contables que les son de aplicación, si bien en algunos casos se mencionan circunstancias, tales como errores, incumplimientos normativos o insuficiencias de información, que afectan a la representatividad de las mismas.

En concreto, el informe destaca que en el conjunto de entidades pertenecientes al sector público administrativo, las principales salvedades se producen, por un lado, en los organismos autónomos, fundamentalmente por deficiencias en el inmovilizado, como consecuencia de no tener inventario o tenerlo con errores significativos o por un registro incorrecto del inmovilizado y sus amortizaciones.

Por su parte, en el sector público empresarial la mayoría de las salvedades se produce en las autoridades portuarias, como consecuencia de la incorrecta contabilización de las obligaciones económicas derivadas de tres sentencias del Tribunal Constitucional respecto de las liquidaciones tarifarias; mientras que en el sector público fundacional son de escasa relevancia en el conjunto de entidades.

De un total de 219 entidades del sector público estatal auditadas por la Intervención, la opinión de los auditores sobre las cuentas anuales de 2009 ha sido la siguiente: 117 favorables, 92 favorables pero con salvedades, 4 desfavorables, la opinión se ha denegado a tres entidades y se ha denegado o ha sido desfavorable, parcialmente, para otras tres entidades.